В результате исследований 2016-2019 гг. на культовом комплексе были выделены три строительных периода.
1 – й период IX (?) – XII - XIII вв. связан с ранним этапом существования храма, от которого на данный момент сохранились: западная и восточная стена, юго-западный угол постройки и отдельные находки. Реконструируемая длина здания 10 м. Престол из инкерманского камня располагался на некотором расстоянии от восточной стены храма (сохранилась яма для его установки в скальной поверхности материка).
2-й период – период перестройки храма в XII - XIII вв. В здание IX (?) – XII - XIII (?) вв. был встроен поздний храм, который функционировал и в XIV – XV вв. Стены сохранились на высоту около 1 м. Они сложены из бутовых камней и обломков пещерных натеков. В кладке южной стены храма имеются фрагменты черепиц-керамид. В апсидной части и в дверном проеме присутствуют туфовые блоки. Толщина стен храма около 0,7 м. Престол в этот или последующий период был пристроен к восточной стене постройки.
3-й строительный период – XIV – XV вв., связан со строительством и функционировании помещения-пристройки (возможно, «притвора» или «нартекса») снаружи церкви, в западной части. О характере и назначении ее на данном этапе исследований судить сложно. Фиксируется ширина постройки 2,6 м по внутреннему контору, от которой сохранилось два ряда кладки. В этот же период или с небольшим промежутком времени вдоль южной стены с наружи храма, над черепичным развалом XIV – XV вв. была плотно пристроена кладка (кладка 10), сохранившаяся в один ряд. Видимо, она связана с ремонтными работами происшедшими после тектонических разрушений (например, землетрясения 1423 г.), в результате которых, часть внутреннего панциря южной стены церкви винтообразно завалилась во внутрь.
К периоду бытования комплекса относится некрополь, обнаруженный к западу, востоку и югу от храма.
Всего выявлено 9 погребальных сооружений. Они принадлежат к трем типам: могила №1 – вырубленная в скале; могила №7 – сводчатый склеп; могилы №2-№6, №8-№9 – грунтовые.
