Как и в прежние годы, научным коллективом руководил П.Н. Шульц. В 1957 г. пришла на работу А.П. Иванова, специалист по античному искусству. Продолжили исследования: Е.В. Веймарн, Э.И. Соломоник, К.Ф. Соколова и О.И. Домбровский. Последний, помимо многообразной и плодотворной научной работы, вёл общественно-педагогическую деятельность: руководил детским археологическим кружком ОДЭТС. Его воспитанники принимали активнейшее участие в разведках на территории полуострова, прежде всего в крымских горах и в Херсонесе. Из их числа выросло множество впоследствии известных специалистов в различных областях, в том числе и археологии. На должности ст. лаб. зачислены выпускницы ВУЗов: Т.Н. Высотская и О.А. Махнева, всю последующую научную деятельность посвятившие крымской археологии. На лаборантских должностях числились: А.А. Щепинский, С.С. Яковлева (секретарь-машинистка и зав. хозяйством) и Г.Н. Рубиновский, осуществлявший чертёжные, фотографические и топографические работы. После его увольнения в 1961 г. на его должность переведён В.К. Гарагуля.
В 1962 г. Отдел возглавил Е.В. Веймарн, а его функции ученого секретаря переданы О.И. Домбровскому. В связи с подготовкой трехтомного фундаментального издания «Археологія Української РСР» в 1963-1965 гг. наше учреждение получило статус Крымской группы Института археологии АН УССР. Руководство группой осуществлял в 1963 г. Е.В. Веймарн, а в 1964-1965 г. к ним вновь возвратился П.Н. Шульц. Обязанности учёного секретаря исполнял О.И. Домбровский. В 1966 г. Крымскому коллективу вновь был возвращён прежний статус и название – Отдел античной и средневековой археологии Крыма Института археологии АН УССР. В конце 1967 г. коллектив переехал из здания Института Минеральных ресурсов в другое помещение. Но оно оказалось совершенно не оборудованным для работы и, требовало капитального ремонта, частично ложившегося на плечи самих сотрудников.
С 1968 г. после выхода на пенсию и окончания срока руководства Институтом археологии АН УССР (1956-1968), к обязанностям руководителя отдела археологии Крыма приступил Сергей Николаевич Бибиков. До назначения на должность все эти годы он продолжал бывать на полуострове, был дружен с П.Н. Шульцем, О.И. Домбровским, Е.В. Веймарном и другими крымскими археологами. С.Н. Бибиков, постоянно проживавший в Киеве, не мог постоянно находиться в Симферополе. Реальное руководство на месте осуществлял учёный секретарь О.И. Домбровский, формально занимавший скромную должность м.н.с.
В конце 1960 – начале 1970-х гг. к работе в Отделе поступили Вит.Н. Даниленко, И.А. Баранов, К.К. Орлов и В.А. Сидоренко. В 1975 г., в связи с уходом на пенсию Е.В. Веймарна осуществлена перевозка фондовых материалов и экспедиционного снаряжения из Бахчисарая в Симферополь. Велось оборудование фондохранилища, рабочих помещений фотолаборатории, упорядочение и оборудование библиотеки в ремонтируемых помещениях ОАК в здании Воронцовского дома (ныне – пр-т В.И. Вернадского, 2).
После окончания Симферопольского Государтвенного Университета в 1979 г. на работу в качестве старших лаборантов были зачислены В.Л. Мыц и воспитанник О.И. Домбровского – В.А. Кутайсов. В 1980 г. в связи с переездом в Симферополь на должность старшего лаборанта перешла заведующая Отделом дореволюционного прошлого Феодосийского краеведческорго музея Е.А. Айбабина. С этого же времени в археологических раскопках в качестве лаборантов принимали участие: А.Е. Пуздровский; И.В. Ачкинази; В.Г. Тур и В.И. Ядыкин, а также С.Г. Колтуховсотрудник Крымского областного краеведческого музея. Продолжил сотрудничество с крымскими археологами Ю.С. Воронин. В.М. Долгополова заведовала библиотекой, которая постоянно пополнялась.
В 1985 г. в жизни Советской страны наступила новая, крайне сложная и противоречивая эпоха, названная «Перестройкой» и в конечном итоге приведшая к разрушению прежде единого административного, культурного и научного пространства. В этом году оставил свой пост С.Н. Бибиков. На работу в ОАК вернулся Виталий Николаевич Даниленко, теперь – на должность заведующего. Проработав руководителем ОАК до 1988 г. В.Н. Даниленко покинул пост заведующего, вновь сконцентрировав работу на преподавательской деятельности в СГУ.
По рекомендации С.Н. Бибикова П.П. Толочко, в то время уже директор Института археологии АН УССР, с 1988 г. на должность заведующего отделом назначил Виктора Леонидовича Мыца, накануне защитившего кандидатскую диссертацию. Распад СССР и нарастающие центробежные силы отложили свой отпечаток и на развитие науки. 19.02.1992 г. Президиум АН Украины принял постановление № 56 о создании Крымского филиала института археологии. Целью создания филиала значилось проведение фундаментальных и прикладных исследований в этой области на территории АРК. Крымский филиал теперь базировался во флигеле Воронцовского дома в Симферополе. В центральном здании расположился новосозданный Крымский научный центр НАН Украины и Министерства образования и науки Украины (директор – П.П. Толочко). Непосредственным руководителем центра являлся его заместитель – В.Л. Мыц.
Все это происходило в условиях сложной экономической ситуации в стране, падения жизненного уровня населения. В 1994 г. количество сотрудников сократилось на четверть. Директором Крымского филиала был назначен В.Л. Мыц, заместителем – И.А. Баранов. В 1993 г. на должность учёного секретаря из Института археологии НАН Украины был переведён С.Б. Ланцов. В структуре КФ ИА в начальный период было два отдела: Античной археологии (заведующий – к.и.н. В.А. Кутайсов) и Средневековой археологии (заведующий – к.и.н. И.А. Баранов). Работали два сектора: Археологии каменного века (руководитель – к.и.н. В.П. Чабай) и Эпохи поздней бронзы и раннего железного века (руководитель – к.и.н. В.А. Колотухин).
В 1995 г. в связи с планировавшимся изданием собственного журнала «Археология Крыма» создана редакционно-издательская группа под руководством С.Б. Ланцова. В КФ ИА функционировала библиотека (заведующая – М.М. Петрова) и архив (заведующая – И.П. Юрченко). Был создан Учёный совет (председатель – В.Л. Мыц, заместитель – И.А. Баранов, секретарь – С.Б. Ланцов) и Полевой комитет (председатель – В.А. Кутайсов, секретарь – Е.В. Зайцева).
К концу 2009 г. филиал состоял из четырех отделов: Отдел первобытной археологии (заведующий – В.П. Чабай), Отдел скифо-сарматской археологии (заведующий – Ю.П. Зайцев, с 2008 г. – В.И. Мордвинцева), Отдел античной археологии (заведующий – С.Б. Ланцов, с 2008 г. Ю.П. Зайцев), Отдел средневековой археологии (заведующий – С.Г. Бочаров).
В 2009 году на должность директора был назначен руководитель отдела первобытной археологии Виктор Петрович Чабай. С начала 2010 г. В.П. Чабай официально возглавил коллектив крымских археологов. Направления научных исследований КФ ИА не изменились, однако, в течение 2010 г. В ноябре 2010 г. Отделы скифо-сарматской и античной археологии были реорганизованы в Отдел греко-варварской археологии под руководством Ю.П. Зайцева, а также создан Отдел полевых исследований, который возглавила Е.А. Айбабина.
16 марта 2014 г. на полуострове прошёл референдум о присоединении к Российской Федерации, а с 18 марта Республика Крым и г. Севастополь стали новыми её субъектами. Началась новая эпоха в истории полуострова. Археология Крыма, переходила на стандарты Российской Федерации. 9 декабря 2014 г. Распоряжением Совета Министров Республики Крым № 1326-р на базе Крымского филиала института археологии НАНУ было создано Государственное бюджетное научное учреждением Республики Крым Институт археологии Крыма. Ведомственное подчинение Министерству образования, науки и молодежи Республики Крым осталось прежним. Впервые наше учреждение более чем за 65 лет своего существования удостоилось звания самостоятельного Института. 22 декабря 2014 г. Приказом Министерства № 754к исполняющим обязанности директора созданного Института был назначен Вадим Владиславович Майко. С 15 января 2015 г. Институт, пройдя все процедуры Государственной регистрации, приступил к работе. 7 сентября 2015 г. Распоряжением правительства Российской федерации № 17-43-р за подписью Д.А. Медведева Институт получил федеральный статус.
С 2016 г. в составе Института было три отдела: Отдел археологии раннего железного века (заведующая к.и.н. В.И. Мордвинцева, с 2018 г. В.П. Власов), Отдел античной археологии (заведующий к.и.н. С.Б. Ланцов), отдел средневековой археологии (заведующий В.В. Майко, с 2018 г. Э.А. Хайрединова) и сектор археологии эпохи энеолита и бронзы (с 2021 г. сектор был временно ликвидирован).
Ныне в составе Института, учитывая внешних совместителей, и совместителей, выполняющих полученные учреждением гранты Российских научных фондов, 53 человека. Из них 4 д.и.н., 17 к.и.н., 12 научных сотрудников без степени и 11 стажеров-исследователей.
